Hoe ontdek je een (gevaarlijke) coronamutatie?

Die vraag gaan we beantwoorden in deze 191ste corona-update.

Allereerst, wat is er nou precies aan de hand? In de afgelopen weken heeft het Verenigd Koninkrijk te maken gehad met een snelle toename van coronagevallen in Zuidoost-Engeland. In de helft van de gevallen bleken deze mensen besmet te zijn met een nieuwe variant van het coronavirus. Een zorgelijke ontwikkeling die veel vragen oproept.

Vermoedelijk besmettelijker

Het is bekend dat het nieuwe coronavirus voortdurend verandert door mutatie. Virussen vermenigvuldigen zichzelf en maken daarbij af en toe kopieerfouten. Inmiddels zijn in de hele wereld duizenden coronavarianten geregistreerd.

Soms krijg je daardoor een variant die gevaarlijker is. De mutatie in Engeland is vermoedelijk besmettelijker, maar niet per se gevaarlijker. In Nederland zijn nu twee mensen positief getest op deze variant. Zij zijn niet in Engeland geweest. Het lijkt er daarom op dat dit virus al een tijdje in Nederland rondgaat.

Maar hoe weet je welke virusvarianten allemaal in omloop zijn? Daar kom je niet achter via de PCR-test van de GGD, die kijkt alleen naar een paar kenmerkende stukjes van de genetische code van het virus. Bij een positieve test is daarom aanvullend onderzoek nodig, sequencing genoemd.

Analyseren van 30.000 'letters'

Sequencing – nog zo'n woord dat we vóór 2020 niet kenden – is het uitlezen van de hele genetische code van het het virus. De code bestaat uit 30.000 'letters'. Het analyseren gebeurt met behulp van een gespecialiseerde sequencing-machine. 

Het duurt alleen even voordat je weet of een virus gevaarlijker of besmettelijker is. De variant waar we het nu over hebben, werd al in september ontdekt in het Verenigd Koninkrijk. 

Goed in de smiezen

Nu, drie maanden later, hebben ze deze variant behoorlijk goed in de smiezen. Dat komt omdat ze in Engeland deze nieuwe virusvariant wél kunnen 'zien' in de uitslagen van de PCR-test.

Dat zit zo: bij de PCR-test die ze daar veel gebruiken, TaqPath genoemd, testen ze op drie genen. Bij deze virusvariant bleek één van deze drie genen weg te vallen. De Britten hebben dus mazzel. De PCR-test die ze daar dagelijks met honderdduizenden uitvoeren, is sneller én goedkoper dan het sequencen van het hele virus.

Veel meer onderzoek

Maar, ze doen daar in Engeland ook gewoon dingen goed, zegt Marcel Levi, de Nederlandse ziekenhuisbestuurder in Londen. De Britten doen veel meer onderzoek naar nieuwe varianten. Er wordt veel meer aan sequencing gedaan.

"We moeten ons geen illusies maken. Deze variant is al lang in Nederland. Ik denk alleen dat wij het in Nederland niet zo systematisch bestuderen", zei Levi bij Buitenhof.

Zitten we hier te slapen?

Zitten we in Nederland dan te slapen? Volgens hoogleraar virologie Marion Koopmans hebben we in Nederland minder capaciteit dan de Britten. Maar ze zegt ook: "Wij doen het zeker niet slecht." Ze wijst erop dat Nederland uit de hele wereld verzoeken krijgt om sequence-studies uit te voeren. Dat zegt wel wat. Bovendien: we doen hier bijna twee keer zoveel sequence-studies als in Duitsland en Frankrijk. "Maar het is geen wedstrijd", zegt Koopmans. 

De wetenschapper vertelt dat het Erasmus MC en het RIVM jaren geleden met onderzoeksprojecten geïnvesteerd hebben in deze techniek. Dat werpt dit coronajaar zijn vruchten af. Zo zijn we al een hoop te weten gekomen over de verspreiding van het virus. Begin dit jaar gingen de alarmbellen af toen bleek dat in Brabant meerdere virusvarianten rondgingen, een teken dat Nederland het virus niet onder controle had.

Wekelijkse steekproef

Inmiddels is ook een landelijke 'surveillance' gestart: sinds november nemen meer dan 20 laboratoria elke week een steekproef van monsters die positief zijn getest en sturen die op naar het RIVM of het Erasmus MC om te worden geanalyseerd in de sequencing-machine. Het gaat om enkele honderden per week. 

Afgelopen week bleek dus dat in Nederland twee personen positief waren getest op deze 'Britse variant'. Wat zegt dit over de verspreiding van deze variant in ons land?

Nog niet wijdverspreid

Dat is op dit moment nog moeilijk in te schatten, zegt Koopmans. "Wel kun je stellen dat het hier nog niet landelijk wijdverspreid is. Anders hadden ze in het laboratorium veel meer van deze varianten gezien. Maar het is zeker mogelijk dat er al brandhaarden zijn."

Toch vindt Koopmans dat sequencing geen 'standaardroutine' moet worden. Ze vindt dat je het op waarde moet schatten. "Het is een tool die je helpt inzicht te krijgen in de verspreiding. Als je ontdekt dat een bepaalde variant zich harder verspreidt, dan kun je alleen zeggen: oké, nu moeten we nóg meer thuisblijven. Dat is het enige wat je kunt doen."

Sneller aanpassen

Wat wel belangrijk is, zegt Koopmans, is uitzoeken of een vaccin nog goed tegen zo'n variant werkt. "In die zin is sequencing belangrijk: zo kun je het vaccin sneller tegen eventuele veranderende virussen aanpassen."